Eskimosi po powrocie na Grenlandię mieli problemy przystosowawcze i duńskie władze zakazały organizowania podobnych eksperymentalnych podróży w przyszłości.
14 czerwca 1878 roku Jacobsen (ponownie we współpracy z Hagenbeckiem) udał się do Finnmark w północnej Norwegii celem zgromadzenia przedmiotów etnograficznych i przywiezienia Saamów na kolejną wystawę w Paryżu, która raz jeszcze okazała się dużym sukcesem. W 1880 roku Jacobsen wyruszył na wyprawę do Nowej Fundlandii i Hebronu, która zakończyła się tragicznie, gdyż cała ósemka zrekrutowanych Innuitów zmarła na ospę wietrzną.
Przełomowe dla kariery Jacobsena okazało się zatrudnienie go na stanowisku kolekcjonera etnograficznego przez nowo otwarte królewskie muzeum etnograficzne w Berlinie. Pracując dla tej instytucji odbył trzy duże wyprawy morskie: w latach 1881–1883 do północno-zachodniej Ameryki, w latach 1884–1885 do Rosji, Syberii, Sachalinu, Mandżurii, Korei, Japonii, San Francisco, Wiktorii, Kolumbii Brytyjskiej i w końcu na Ocean Indyjski, gdzie odwiedził wszystkie wyspy w tym Jawę, Australię i Nową Gwineę (1887–1888)