Aresztowanie i śmierć W 1936 r. Żona Vladimira Wiera została zwolniona z pracy w wyniku intensyfikacji kampanii antysemickiej w Niemczech. W 1937 r. Nabokowowie wyjechali do Francji. W maju 1940 r. Vladimir Nabokow uciekł z Paryża przed posuwającymi się żołnierzami niemieckimi i przeniósł się do Stanów Zjednoczonych ostatnim lotem linii pasażerskiej Champlain. Siergiej, nie wiedząc o tym, po przybyciu do Paryża stwierdził, że mieszkanie jest puste. Postanowił pozostać w kraju ze swoim kochankiem. Jednak biorąc pod uwagę postępowanie karne wobec homoseksualnych mężczyzn, postanowili się spotykać rzadko, aby nie wzbudzać podejrzeń. Siergiej pracował jako tłumacz w Berlinie.
Pomimo środków ostrożności Siergiej został aresztowany przez gestapo w 1941 r. Pod zarzutem kontaktów homoseksualnych (paragraf 175 niemieckiego kodeksu karnego). Po pięciu miesiącach uwięzienia za brak dowodów zwolniono go dzięki staraniom jego kuzynki Oni (Sofia Dmitrijewna Fazold z domu Nabokowa, 1899–1982), starszej siostry kompozytora Nikołaja Nabokowa i wzięto pod obserwację. Jednak po tym incydencie Siergiej zaczął aktywnie krytykować nazistowskie władze w codziennych rozmowach. Dokładny powód jego drugiego aresztowania nie jest znany: Vladimir napisał, że jego brat został aresztowany jako „brytyjski szpieg”Nabokov Vladimir. Speak, Memory.