Po powrocie do kraju, od września 1919 roku służył w odrodzonym Wojsku Polskim.
W okresie II RP sprawował szereg funkcji dowódczych w Wojsku Polskim, m.in. był: inspektorem szkół podchorążych rezerwy, dowódcą 6 pułku strzelców podhalańskich w Samborze do maja 1927, dowódcą piechoty dywizyjnej 19 Dywizji Piechoty od maja 1927, w składzie osobowym I wiceministra spraw wojskowych.
Do wybuchu wojny był inspektorem głównym Federacji Polskich Związków Obrońców Ojczyzny i Związku Rezerwistów.
Został osadnikiem wojskowym w osadzie Husaki w powiecie baranowickim (ziemię otrzymał tam również ułan Stanisław Skokowski).
Z dniem 31 marca 1939 przeniesiony w stan spoczynku ze stanowiska dowódcy piechoty dywizyjnej 16 DP.
Podczas wojny obronnej 1939 roku był dowódcą piechoty dywizyjnej 25 Dywizji Piechoty Armii „Poznań”, a od 18 września dowódcą Grupy „Palmiry”, broniącej składów amunicyjnych w Palmirach w Puszczy Kampinoskiej (patrz: Obrona Palmir). Na początku 1941 roku wstąpił do Organizacji Wojskowej Związek Jaszczurczy, gdzie objął stanowisko inspektora wyszkolenia w Okręgu Warszawa-miasto. W okresie tworzenia Narodowych Sił Zbrojnych zerwano z nim kontakty. Skokowski stanął wkrótce na czele niewielkiej organizacji Gwardia Obrony Narodowej, która w 1943 roku scaliła się z Polską Armią Ludową.