W 1947 parze urodził się syn, William Seward Burroughs Jr.
W 1946 Burroughs uzależnił się od heroiny, morfiny i alkoholu, od tego momentu również handlował narkotykami. W 1949 pisarz musiał wyjechać do Meksyku, z powodu podejrzeń o posiadanie marihuany. 6 września 1951 w mieście Meksyk doszło do tragedii: w obecności dwóch przyjaciół William zastrzelił Joan, celując z pistoletu do szklanki z ginem, którą Vollmer na jego prośbę umieściła na swojej głowie. Jednak dzięki manipulacjom, jakich dokonał znajomy adwokat i dzięki fałszywym zeznaniom, Burroughs wyszedł na wolność po trzynastu dniach aresztu. Po kilku miesiącach pisarz opuścił Meksyk i wyjechał do Ameryki Południowej w poszukiwaniu yage – narkotyku, który miał łagodzić skutki uzależnienia od opium.
W Meksyku powstały dwie powieści Ćpun (Junkie, wydana w 1953 pod pseudonimem: „William Lee”) oraz Pedał (Queer, ukazała się dopiero w 1985).