Budynek Siedzibą Sądu był budynek przy ulicy Miodowej 22/24 należący do Najwyższego Trybunału Administracyjnego. W tymże gmachu 5 października 1935 zainaugurowano działalność Sądu. Do 1939 roku w nim wspólnie orzekała NTA i ISA. I prezes NTA decydował jakie sale udostępnić sądowi tymczasowemu.
Budynek niegdyś stanowił część Collegium Nobilium, zaś obecnie mieści się tam Akademia Teatralna im. Aleksandra Zelwerowicza wraz z teatrem.
Administracja Organizacyjnie ISA była mocno powiązana z NTA, co uwidaczniał przymus korzystania z jego obsługi biurowej i kancelaryjnej. Obsługą interesantów zajmowała się Kancelaria sądowa. Naczelnik Sekretariatu Prawniczego zaś delegował do pracy w ISA część pracowników, którzy mieli przygotowywać akta spraw i materiał dowodowy. Urzędnicy zajmowali się także spisywaniem protokołów z posiedzenia lub rozprawy, a dalej wysyłaniem zarządzeń, odpisów oraz wypisów z wyroków oraz postanowień. Nad ich pracą nadzór sprawował szef sądu szczególnego.