Natomiast o 2 lata późniejsze badania Simona i współpracowników wykazały mniej istoty szarej w móżdżkach osób transseksualnych obu płci, choć znaleziono też obszary móżdżku łączące osoby różnej płci morfologicznej o tym samym gender. Wiarygodność wyników obniżają różnice w orientacji seksualnej pomiędzy badanymi grupami, są one też niezgodne z wynikami innych badań móżdżków. Jeśli chodzi o istotę białą, różnice takie dotyczą też ciała modzelowatego – u osób transseksualnych przypomina ono bardziej strukturę osób o analogicznej identyfikacji płciowej. Odkrywcy zasugerowali nawet włączenie tego faktu do kryteriów rozpoznawania GID. Jednak ich badań nie powtórzono, kryterium takie nie byłoby też możliwe do zastosowania w klinice. Smith et al określa je nawet mianem niedorzecznego. Kolejne różnice znaleziono w badaniu z udziałem transseksualnych osób homoseksualnych w takich drogach istoty białej, jak pęczek podłużny górny, pęczek czołowo-potyliczny dolny, droga korowo-rdzeniowa, szczypce mniejsze, a także w obręczy. U osób transseksualnych struktury te przedstawiały formę pośrednią pomiędzy męską a żeńską.