Fabuła Akcja Little Witch Academia rozgrywa się w , prestiżowej szkole dla młodych dziewcząt chcących zostać czarownicami. Zainspirowana występami słynnej wiedźmy Lśniącej Chariot, młoda dziewczyna o imieniu Atsuko Kagari i przezwisku Akko rekrutuje się do akademii z zamiarem zostania równie znaną czarownicą. Niestety cierpi ona ze względu na swoje niemagiczne pochodzenie. Zmienia się to, gdy znajduje tak zwaną Lśniącą Różdżkę, potężny magiczny artefakt należący niegdyś do Chariot.
Jednym z głównych tematów franczyzy jest próba życia Akko zgodnie z ideałami Chariot poprzez pokazywanie światu magii jako rzeczy wciąż fascynującej i cudownej. Kontrastuje to z borykającą się z problemami finansowymi akademią, która traci uczennice i jest przedstawiana jako relikt przeszłości. Samą magię zaś coraz częściej przedstawia się jako przestarzałe i niepraktyczne sztuczki, a jej siła słabnie na całym świecie z roku na rok. Klucz do przywrócenia jej potęgi został ukryty w zakazanym lesie Arkturus i zapieczętowany w magicznej kapsule zwanej Wielkim Triskelionem.