Tak jak i w reszcie kraju tak i tutaj pierwsza połowa XIX w. charakteryzowała się wielką niestabilnością polityczną, co było spowodowane ciągłymi walkami o władzę pomiędzy stronnictwami liberałów i konserwatystów. Morelos w dalszym ciągu pozostawało jednym z największych producentów trzciny cukrowej na świecie. Pomiędzy wielkimi posiadaczami ziemskimi a chłopami wytworzyły się wielkie nierówności majątkowe. Z powodu swojego bliskiego położenia przy stolicy kraju Morelos miało strategiczne znaczenie dla kolejnych uzurpatorów dążących do przejęcia władzy w Meksyku. Wydzielony ze stanu Mexico został stanem w 1868r.
W 1910 wybucha rewolucja meksykańska skierowana początkowo przeciwko dyktatorskim rządom Porfirio Diaza, zaciekłe walki toczą się także i na terenie stanu. Po zakończeniu rewolucji wybuchło tu kilka powstań chłopskich, których głównych celem było żądanie przeprowadzenia reformy rolnej. Rządowi centralnemu udało się je jednak stłumić w zarodku. XX w.