Podczas niemieckiej okupacji udzielał „porad medycznych” wysokim rangą członkom niemieckich władz, m.in. szefowi kancelarii Adolfa Hitlera Martinowi Bormannowi. Po zakończeniu wojny i przejęciu władzy przez komunistów przed aresztem i wyrokiem za kolaborację ochronił go prominentny działacz partii komunistycznej i późniejszy prezydent Czechosłowacji Antonín Zápotocký, który jako jeden z jego „pacjentów” uniknął amputacji nogi z powodu gangreny. W 1949 r. od tenisisty Jaroslava Drobnego, emigrującego za granicę, kupił zielonego Hudsona Commodore’a, którym z osobistym kierowcą dojeżdżał do pacjentów.

Po śmierci Zápotockiego w 1957 r. władze Czechosłowacji rozpoczęły zwalczanie medycyny niekonwencjonalnej, a jedną z głównych ofiar tej kampanii stał się popularny Mikolášek. W 1959 r. został oskarżony o przestępstwa podatkowe, jego majątek został skonfiskowany, a on sam skazany za współpracę z nazistami podczas okupacji na trzy lata pozbawienia wolności, przepadek majątku i praw obywatelskich. Na skutek odwołania wyrok podwyższono mu do pięciu lat więzienia.