27 maja 1920 roku został mianowany komendantem pierwszej polskiej jednostki lotnictwa morskiego i otrzymał zadanie stworzenia morskiej eskadry szkolnej. 1 lipca oficjalnie powołano do istnienia Bazę Lotnictwa Morskiego w Pucku, jej dowódcą został Wiktoryn Kaczyński. Pod jego kierownictwem jednostka pozyskiwała sprzęt poprzez remont poniemieckich samolotów oraz zakupy, m.in. w Wolnym Mieście Gdańsku. Dzięki jego staraniom w ramach jednostki powstała Morska Szkoła Pilotów.
W listopadzie 1921 roku Baza Lotnictwa Morskiego wraz z Morską Szkołą Pilotów została przekształcona w jednostkę liniową o nazwie Lotnictwo Morskie. Jej dowódcą został mianowany Wiktoryn Kaczyński, który sprawował to stanowisko do 23 grudnia 1921 roku. W lutym 1922 roku opracował projekt zmiany organizacji polskiego lotnictwa morskiego pt. Organizacja Lotnictwa Morskiego w związku z przejściem Lotnictwa do Departamentu IV Żeglugi Powietrznej. 3 maja 1922 roku został zweryfikowany w stopniu majora ze starszeństwem z 1 czerwca 1919 roku i 2. lokatą w korpusie oficerów aeronautycznych. Jego oddziałem macierzystym był wówczas 2 Pułk Lotniczy w Krakowie.