Zanim zdążył objąć stanowisko, gen. Gott został zabity, gdy samolot transportowy, w którym podróżował, został zestrzelony i zniszczony podczas powrotu do Kairu z pola bitwy. Samolot, Bristol Bombay z 216 Dywizjonu RAF-u, pilotowany przez 19-letniego sierż. Hugh „Jimmy” Jamesa, został przechwycony i zestrzelony przez podoficerów Bernda Schneidera i Emila Clade'a z Jagdgeschwader 27. Bez obu silników pilot udał się na przymusowe lądowanie, ale dwa niemieckie myśliwców Messerschmitt Bf 109 zaatakowało rozbity samolot, ostrzeliwując go aż do całkowitego zniszczenia maszyny. Ci, którzy nie byli w stanie uciec z uziemionego samolotu (w tym gen. Gott), zostali zabici. Ciało Gotta pochowano na Cmentarzu Wojennym w El Alamein. Zastąpił go gen. Bernard Montgomery, który był preferowanym wyborem Brooke'a. Niemcy wiedzieli przed Brytyjczykami, że Gott nie żyje: niemieckie załogi lotnicze zostały powitane po powrocie do bazy: „Gratulacje, panowie. Właśnie zabiliście generała Strafera Gotta, nowego dowódcę 8 Armii!” Uważa się, że Niemcy złamali kod używany przez gadatliwego amerykańskiego attaché lotniczego w Kairze i przechwycili transmisję operacyjną.