Messenger).
Pierwsze wykrycia Pegasusa Oprogramowanie po raz pierwszy zostało wykryte w 2016 r. Ahmed Mansur – aktywista działający na rzecz ochrony praw człowieka w Zjednoczonych Emiratach Arabskich – otrzymał wiadomość SMS z linkiem, który miał zawierać informacje o przetrzymywaniu i torturach w więzieniach w ZEA. Przed otwarciem linku Mansur poprosił o jego sprawdzenie organizację Citizen Lab. Śledztwo rozpoczęte przez Citizen Lab we współpracy z Lookout – prywatną firmą zajmującą się cyberbezpieczeństwem, ujawniło, że otwarcie linku spowodowałoby zainfekowanie telefonu Mansura oprogramowaniem szpiegującym oraz wskazało jako producenta izraelską firmę NSO Group.
Innym skandalem zawierającym wątek Pegasusa było zabójstwo Dżamala Chaszukdżiego – saudyjskiego dziennikarza publikującego, m.in., na łamach „The Washington Post”. Edward Snowden wykazał, że Chaszukdżi przez kilka miesięcy przed zamordowaniem był śledzony przy wykorzystaniu Pegasusa. Następne doniesienia informowały o wykorzystywaniu oprogramowania do inwigilacji indyjskich działaczy społecznych i prawników oraz jako narzędzie w rękach meksykańskich karteli narkotykowych. W 2018 r. Citizen Lab opublikowało raport z własnego śledztwa, wykazujący obecność Pegasusa w 45 państwach. W lipcu 2021 r.