We wnętrzu nawy głównej i starszej części prezbiterium znajdują się sklepienia kolebkowe z lunetami, we wnętrzu naw bocznych oraz w dobudowanej części prezbiterium są umieszczone sklepienia kolebkowo-krzyżowe, z kolei w kaplicy północnej znajduje się pozorna kopuła. Wewnątrz nawa główna otwiera się do naw bocznych półkolistymi arkadami filarowymi. W wejściu do kaplicy jest umieszczony kamienny barokowy portal powstały w 1. połowie XVIII wieku. Na zewnątrz w wejściach do wieży i naw bocznych znajdują się trzy portale kamienne, w stylu barokowym, wykonane w XVIII wieku. Polichromia o motywach figuralnych i ornamentalnych została namalowana przez Franciszka Walczowskiego w 1958 roku.

Ołtarz główny w stylu manierystycznym powstał w 1621 roku i został wykonany przez snycerza Baltazara Kuncza z Kleparza dla kościoła klarysek w Starym Sączu, uzupełniony jest po bokach późnobarokowymi bramkami wykonanymi w połowie XVIII wieku. W polu środkowym ołtarza znajduje się barokowy obraz Matki Bożej Śnieżnej z przełomu XVII i XVIII wieku, natomiast w zwieńczeniu jest umieszczony św. Michał Archanioł, w stylu barokowym, powstały w XVIII wieku, na bramkach z kolei znajdują się obrazy świętych Mikołaja i Stanisława biskupa, w stylu barokowym, powstałe w XVIII wieku.