Istotnym punktem w początkowych latach jego kariery była kreacja Johna „Trucka” Crossa w dramacie sportowym Navy Blue and Gold (1937).
W 1938 nawiązał współpracę z Frankiem Caprą, występując w dwóch przełomowych filmach – komedii romantycznej Cieszmy się życiem (1938) z Jean Arthur, dzięki której zyskał status gwiazdy, i w politycznym komediodramacie Pan Smith jedzie do Waszyngtonu (1939), który przyniósł mu pierwszą nominację do nagrody Akademii Filmowej w kategorii dla najlepszego aktora pierwszoplanowego. Do pozostałych ważnych produkcji Stewarta z lat 30. i 40. zalicza się western Destry znowu w siodle (1939) z Marlene Dietrich, komedie romantyczne Sklep za rogiem z Margaret Sullavan i Filadelfijska opowieść (1940), gdzie partnerował w głównych rolach Cary’emu Grantowi i Katharine Hepburn, a jego kreacja reportera Macaulaya Connora przyniosła mu Oscara w kategorii dla najlepszego aktora pierwszoplanowego, oraz dramat z elementami fantasy To wspaniałe życie (1946) z Donną Reed.