Mimo to, skierował do Uczelnianej Komisji Dyscyplinarnej wniosek o wszczęcie postępowania dyscyplinarnego i ukaranie prof. Budzyńskiej karą nagany.

Zarzucił jej, że „formułowała wypowiedzi w oparciu o własny, narzucany studentom, światopogląd, o charakterze wartościującym, stanowiące przejaw braku tolerancji wobec grup społecznych i ludzi o odmiennym światopoglądzie, nacechowane wobec nich co najmniej niechęcią, w szczególności wypowiedzi homofobiczne, wyrażające dyskryminację wyznaniową, krytyczne wobec wyborów życiowych kobiet, dotyczących m.in. przerywania ciąży”. W tym samym miesiącu zrezygnowała z pracy w Uniwersytecie Śląskim.

W jej obronie, mając na względzie toczące się w uczelni postępowanie dyscyplinarne, wypowiedział się wicepremier Jarosław Gowin, stwierdzając: „Nie pozwolimy środowiskom skrajnie zideologizowanym na cenzurę”. Wśród osób popierających jej działania znaleźli się m.in. abp Wiktor Skworc i prof. Wojciech Świątkiewicz. W sprawę po stronie Ewy Budzyńskiej zaangażowała się także Fundacja Ordo Iuris. Osoby studiujące na UŚ, które złożyły skargę dyscyplinarną na Ewę Budzyńską, zostały przesłuchane przez policję w obecności reprezentanta prawnego Ewy Budzyńskiej, związanego z Ordo Iuris, w związku z rzekomym tworzeniem w sprawie fałszywych dowodów.