Po święceniach rozpoczął studia na tajnych kompletach na Wydziale Socjologicznym Uniwersytetu Warszawskiego i posługiwał w konspiracji jako kapelan Armii Krajowej, a od 1 sierpnia 1944 uczestniczył w powstaniu warszawskim. Odprawiał w trudnych warunkach nabożeństwa, udzielał pomocy rannym i umierającym, pomagał ludności cywilnej. W ostatnich dniach powstania ks. Stanek zrezygnował z możliwości przeprawy pontonowej na drugi brzeg Wisły. Podczas pacyfikacji Czerniakowa wzięty do niewoli przez Niemców, został 23 września 1944 powieszony na własnej stule po torturach na zapleczu magazynów „Społem“ przy ul. Solec w Warszawie.
14 kwietnia 1945 zwłoki ks. Stanka ekshumowano i złożono w zbiorowej mogile przy ul. Solec w Warszawie. 4 marca 1946 przeniesiono je na cmentarz Powązkowski. 4 listopada 1987 w kościele Matki Boskiej Częstochowskiej przy ul. Zagórnej odbyło się nabożeństwo żałobne połączone z ekshumacją i pogrzebem ks. Stanka, któremu przewodniczył kard. Józef Glemp. 5 listopada 1987 jego szczątki złożono w kwaterze zgrupowania AK „Kryska” znajdującej się na cmentarzu Wojskowym na Powązkach.