w 1801 roku napisał oratorium Pory roku. Ostatnie lata życia spędził głównie w Wiedniu, na wakacje wyjeżdżając do Eisenstadt.
Haydn był przyjacielem Mozarta, z którym podziwiali się nawzajem. Znał też młodszego od siebie Ludwiga van Beethovena, który uważał go za swojego mistrza i nauczyciela. Haydn zaprzestał komponowania w 1803 roku, na sześć lat przed śmiercią, gdyż pogarszał się jego stan fizyczny; m.in. miał problemy z chodzeniem. Do jego ostatnich dzieł należą dwa oratoria: Stworzenie świata i Pory roku.
Haydn pozostawił po sobie olbrzymią liczbę dzieł, z których wiele weszło do kanonu muzyki poważnej. Zmarł 31 maja 1809 roku w Wiedniu, w wieku 77 lat. Pośmiertnie zwolennicy frenologii odcięli Haydnowi głowę, by zbadać, gdzie w czaszce zlokalizowany jest geniusz artysty. Frenologia nie potwierdzała faktu czyjegoś geniuszu na podstawie wielkości mózgu, jak początkowo sądzono, jedynie zwróciła uwagę na zróżnicowane miejsca w mózgu, pełniące różne, czasem odrębne funkcje.