W 1990 Ante Gotovina powrócił do Chorwacji i rok później został oficerem, biorąc udział w wojnie w Jugosławii. W 1994 otrzymał awans na stopień generała dywizji. Podczas operacji Burza w 1995 został oficerem dowodzącym w regionie Splitu. W latach 1996–2000 był naczelnikiem armii chorwackiej.
W 2001 chorwacki pisarz Nenad Ivanković napisał książkę Ratnik – pustolov i general (jedna biografija) (Wojownik – poszukiwacz przygód i generał (biografia)), biografię Ante Gotoviny.
W roku 2002 powstał 8-odcinkowy serial General poświęcony Ante Gotovinie. W rolę generała wcielił się chorwacki aktor Goran Višnjić.
21 maja 2001 Gotovina został oskarżony przez Międzynarodowy Trybunał Karny dla byłej Jugosławii o zbrodnie przeciwko ludzkości oraz zbrodnie wojenne, które zostały popełnione na Serbach chorwackich w czasie i po operacji Burza, w tym o zamordowanie co najmniej 150 Serbów z Krajiny oraz wypędzenie około 200 tysięcy. Od tego czasu się ukrywał.
7 grudnia 2005 został zatrzymany w Hiszpanii. Dzień później wydano formalny nakaz jego aresztowania.
15 kwietnia 2011 haski trybunał skazał go na 24 lata więzienia. Podczas ogłaszania wyroku w kościołach na terenie całej Chorwacji odbyły się nabożeństwa w intencji uniewinnienia gen.