W wieku 38 lat, 24 lutego 1967 został powołany na stanowisko biskupa pomocniczego diecezji Gozo oraz ustanowiony przez papieża Pawła VI administratorem apostolskim sede plena diecezji Gozo; jednocześnie został mianowany biskupem tytularnym Vicus Augusti. Sakrę biskupią otrzymał 9 kwietnia tegoż roku w katedrze w Victorii z rąk arcybiskupa Martina Johna O’Connora, ówczesnego nuncjusza apostolskiego na Malcie.
Biskup Gozo Po śmierci 31 marca 1972 dotychczasowego biskupa Gozo Giuseppe Pace, Nikol Ġużeppi Cauchi mianowany został 20 lipca 1972 jego następcą, obejmując diecezję 10 września 1972..
W czasie swojej prawie czterdziestoletniej posługi biskupiej Nikol Cauchi był bardzo aktywny. Był jednym z założycieli Social Action Movement, brał czynny udział w tworzeniu Gozo Civic Council. Znany kaznodzieja i pisarz, opublikował liczne książki. Cauchi reprezentował maltańską Konferencję Episkopatu na Synodzie Biskupów w 1974 i 1994. W trakcie swego biskupstwa Cauchi został mianowany między innymi dziekanem kapituły kolegiaty św. Jerzego w Victorii, członkiem honorowym Xirka Ġieħ ir-Repubblika w 2005.