Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. Dzięki napoleońskim dekretom o zniesieniu i koncentracji parafii weneckich wydanym w 1807 roku parafia San Samuele została połączona z parafią Santo Stefano Protomartire, a kościół stał się kościołem filialnym nowo powstałej parafii.
W 1952 roku fasada została ponownie przebudowana, a pierwotny, również przebudowany portyk, został odrestaurowany przez architekta Ferdinanda Forlatiego. W tym czasie otwarto także loggię w górnej kondygnacji.
Obecnie (2019) kościół jest zdesakralizowany i służy jako miejsce organizacji imprez kulturalnych.
Architektura Kościół San Samuele jest położony na placu o tej samej nazwie, wychodzącym na Canal Grande. Po obu jego stronach biegną równoległe ulice Calle delle Carrozze i Salizzada Malipiero. Fasada i kampanila są częściowo przesłonięte przez budynki mieszkalne. Apsydy są wciśnięte pomiędzy domy. Prosta fasada została w górnej części przepruta oknem termalnymOkno półokrągłe, podzielone pionowo na 3 części. i zwieńczona niewielkimi, kamiennymi cokołami, na których umieszczono cztery krzyże.