W latach 1885–1886 zbudował dla siebie i ukochanej żony Louise pierwszą willę na przedmieściu Wiednia w Penzing. Jej wymiary i wyposażenie w istocie przypominały pałacyk. W 1905 sprzedał ten obiekt i na sąsiedniej nieruchomości zbudował mniejszą drugą willę. Zmiana jego języka formalnego jego projektów stała się już bardziej widoczna w budynku mieszkalnym zbudowanym około 1887 przy Universitätsstrasse 12 w którym odszedł od obowiązującego dotąd rygorystycznego rytmu z wydłużonymi osiami okien i płaskimi listwami pilastrowymi, a także ograniczył wystrój zewnętrzny.
Po 1893 stał się jednym z najwybitniejszych przedstawicieli nowego kierunku w architekturze i sztuce – secesji i modernizmu. W swojej książce „Nowoczesna architektura”, wydanej w 1895 za Georgiem Semperem głosił konieczność uniezależnienia się od wzorców przeszłości. Propagował m.in. stosowanie prostych układów horyzontalnych, płaskich dachów i eliminację ozdób, podporządkowując w swoich dziełach dekorację konstrukcji i materiałowi. Wagner doceniał znaczenie nowych materiałów, np. żelazo, w którym widział duże możliwości w architekturze, której przyszłość widział w prostych elementach belek i słupów, w wielkich płaszczyznach ścianAdam Kotula, Piotr Krakowski, Architektura współczesna, Kraków 1967, s. 47-48.