W 1958 roku rozpoczęto dostawy Ił-18, zdecydowanie lepszej maszyny pasażerskiej niż An-10. Główną fabryką produkującą An-12 zostały Zakłady Nr 84 w Taszkencie, do którego przewieziono linię montażową i oprzyrządowanie do budowy An-12 z Irkucka. Ostatnie samoloty ukończono w nich w 1972 roku. W Taszkencie wybudowano 829 egzemplarzy. W Woroneżu, w trakcie pięcioletniej pracy linii montażowej, zbudowano 267 sztuk. W Irkucku, do czasu zakończenia produkcji w 1962 roku, ukończono 152 maszyny. Ogółem wybudowano 1246 egzemplarzy, z czego 183 z przeznaczeniem na eksport.
W trakcie produkcji samoloty modyfikowano. Nadmiar mocy, charakterystyczny dla maszyny, pozwolił zwiększyć ładowność transportowca z początkowych 14 ton aż do 20. Wadą samolotu był krótki zasięg, ograniczony zbiornikami paliwa o pojemności 13 300 litrów. Prace mające na celu zwiększenie tego parametru, doprowadziły do powiększenia zbiorników paliwa do 14 060 l.