Kiedy w 1947 wspólnota zakonna kapucynów rozpoczęła posługę w Birkirkarze, przez pierwsze trzy lata, do wybudowania klasztoru, a później kościoła parafialnego w San Ġwann, odprawiali posługę duszpasterską w kaplicy św. Jana Chrzciciela. Architektura Wygląd zewnętrzny Kaplica jest zbudowana na planie prostokąta, i ma wygląd kostki, typowy dla maltańskiej architektury wernakularnej. Fasada kaplicy, skierowana na zachód, jest prosta, z centralnie położonymi drzwiami i zakratowanym oknem powyżej, jedynym naturalnym źródłem światła w kaplicy. Po prawej stronie drzwi wmurowana inskrypcja NON GODE L'IMMUNITA ECCLESIAS.[TICA], ostrzegająca przestępców, że schronienie się w tym świętym miejscu nie daje ochrony przed ujęciem przez władze. Jedyną ozdobą fasady są proste obramowania wokół drzwi i okna. Nad oknem, dobudowana później w formie pojedynczej arkady, prosta dzwonnica bell-cot z dzwonem, zwieńczona krzyżem maltańskim, chociaż nie wiadomo o jakimkolwiek połączeniu kaplicy z Zakonem. Z obu stron dachu wystają po dwie kamienne rynny do odprowadzania wody opadowej.