Remont ukończono w połowie 1938 i w lipcu tego roku „Navarra” wzięła już udział w blokadzie wybrzeża republikańskiego. Po utracie krążownika ciężkiego „Baleares” w bitwie koło przylądka Palos, „Navarra” stała się trzecim pod względem wartości bojowej okrętem frankistów. W sierpniu wzięła udział w operacji przechwycenia republikańskiego niszczyciela „José Luis Díez” w okolicy Gibraltaru, zakończonej jego uszkodzeniem i internowaniem. W lutym 1939 krążownik osłaniał transport wojska, który zajął Minorkę. Służył do celów blokadowych do końca wojny domowej, nie biorąc jednak udziału bezpośrednio w starciach z nieprzyjacielem.
Po wojnie domowej, „Navarra”, będąc najstarszym z hiszpańskich krążowników, używana była jako okręt szkolny szkoły marynarki w Vigo. Jedynie po II wojnie światowej wzmocniono małokalibrowe uzbrojenie przeciwlotnicze do 23 działek 20 mm. Z uwagi na zużycie maszyn, w 1947 okręt przekształcono w hulk szkolny bez napędu. 3 grudnia 1955 został wycofany ze służby, a następnie złomowany.