Bardzo często doprowadza do niedrożności jajowodów i zaburzenia zdolności rozrodczych bądź do bezpłodności.
Rzadszymi objawami są plamienia lub krwawienia acykliczne, nadmierne krwawienia miesięczne (typowo w adenomyosis), krwiomocz (postać pęcherzowa), krwawienia z przewodu pokarmowego (postać jelitowa), plamienia kontaktowe (lokalizacja szyjkowa).
Niekiedy objawem endometriozy jest nawracająca odma opłucnowa charakteryzująca się bólem klatki piersiowej i dusznością.
Według Global Study of Women's Health z 2011 roku, dolegliwości związane z endometriozą zmniejszają wydajność pracujących kobiet nawet o 11 godzin w 40 godzinnym tygodniu pracy.
Podział Martiusa wyróżnia trzy kliniczne postacie endometriozy: endometriosis genitalis interna – w mięśniu macicy lub jajowodzie endometriosis genitalis externa – w innych miejscach układu płciowego endometriosis extragenitalis – poza układem płciowym. Skutki nieleczonej endometriozy Silne bóle, Stany depresyjne, Problemy ze współżyciem seksualnym, Obniżenie płodności bądź niepłodność, Zaburzenia jelita i pęcherza.