W ciężkich przypadkach stosuje się usunięcie jajników, zwykle już zniszczonych przez torbiele czekoladowe i zrosty. Dawniej stosowano też leczenie androgenami, obecnie się tej metody nie stosuje. Przyjmowanie tabletek antykoncepcyjnych zmniejsza ból miesiączkowy związany z endometriozą. Celem leczenia operacyjnego jest też możliwe usunięcie zrostów, i uruchomienie narządów miednicy mniejszej, co zmniejsza objawy bólowe u chorej.
Leczenie chirurgiczne usunięcie ognisk i torbieli endometrialnych techniką laparotomii lub laparoskopii biopsja - obecnie niezalecana laparoskopia lub laparotomia zwiadowcza usunięcie macicy z, zachowaniem lub nie, przydatków
Leczenie farmakologiczne dienogest danazol analogi gonadoliberyny (aGnRH) progestageny preparaty estrogenowo-progestagenowe wkładka wewnątrzmaciczna uwalniająca lewonorgestrel inhibitory aromatazy selektywne modulatory receptorów progesteronu Leczenie skojarzeniowe (połączenie leczenia chirurgicznego z leczeniem farmakologicznym w celu zachowania zdolności rozrodczych)