Uroczystości pogrzebowe thumb|Trumna thumb|Przeniesienie trumny do grobu. W pierwszym rzędzie trumnę niesie kierowca, Waldemar Chrostowski. Według Milicji Obywatelskiej w pogrzebie wzięło udział od 10 do 100 tysięcy osób. Liczba ta celowo była zaniżana, by przyćmić prawdziwy rozmiar wydarzenia. W pogrzebie uczestniczyło – według różnych źródeł – od pół miliona do miliona osób. Tłum opanował nie tylko plac przykościelny, ale i wszystkie okoliczne uliczki i ulice, w tym sporych rozmiarów plac Komuny Paryskiej (współcześnie plac Wilsona).
W ceremonii wzięli udział prymas Polski Józef Glemp, mszę żałobną koncelebrowało dwunastu księży przy ołtarzu, lecz obecnych było kilkaset księży. Kazanie wygłosił kard. Glemp. Stwierdził w nim: „Odpuszczamy wszystkim winowajcom, którzy z przekonania lub na rozkaz zadali bliźnim krzywdy. Odpuszczamy zabójcom ks. Popiełuszki. Nie mamy do nikogo nienawiści. (...) Być może była potrzebna ofiara życia, aby odkryły się utajone mechanizmy zła, aby wyzwoliły się silniej pragnienia dobra, szczerości, zaufania”. W trakcie mszy głos zabierali dodatkowo: ks. Ryszard Rumianek wicerektor Wyższego Seminarium Duchownego w Warszawie, który stwierdził: „odchodzi jako bohater narodowy, wchodzący do naszej historii” inż. Karol Szadurski, przedstawiciel Huty „Warszawa”, który stwierdził: „...ks.