W wyniku tego, 2 stycznia 2003 zarządzeniem Komendanta Głównego Straży Granicznej Strażnica Straży Granicznej w Szypliszkach (Strażnica SG w Szypliszkach) została zlikwidowana, a siły i środki oraz ochraniany odcinek przez strażnicę weszły w skład granicznej placówki kontrolnej Straży Granicznej w BudziskuZarządzenie nr 058 Komendanta Głównego Straży Granicznej z dnia 13.12.2002 roku zmieniające zarządzenie w sprawie organizacji wchodzących w skład Straży Granicznej komend, strażnic, granicznych placówek kontrolnych, dywizjonów, pododdziałów odwodowych oraz ośrodków szkolenia w ramach III etapu realizacji programu dostosowania Straży Granicznej do standardów Schengen, polegającą na włączeniu wytypowanych strażnic w struktury gpk. W wyniku przeprowadzonej reorganizacji we wszystkich oddziałach SG 62 strażnice zostały włączone w struktury gpk..

Jako Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej w Budzisku funkcjonowała do 23 sierpnia 2005 i 24 sierpnia 2005, Ustawą z 22 kwietnia 2005 O zmianie ustawy o Straży Granicznej...W miejsce dotychczas funkcjonujących strażnic oraz granicznych placówek kontrolnych utworzono placówki Straży Granicznej.