Sam Nawacki odpierał te zarzuty, twierdząc, że ustawa nie przewidywała procedury wycofania raz udzielonego poparcia.
W listopadzie 2019, jako prezes Sądu Rejonowego w Olsztynie, zarządził natychmiastową przerwę w czynnościach orzeczniczych sędziego Pawła Juszczyszyna, który zażądał od Szefowej Kancelarii Sejmu przedłożenia list poparcia sędziów-kandydatów do Krajowej Rady Sądownictwa. Decyzja ta została początkowo uchylona przez Izbę Dyscyplinarną Sądu Najwyższego, jednakże w II instancji Izba Dyscyplinarna, po rozpatrzeniu zażalenia rzecznika dyscyplinarnego Przemysława Radzika, orzekła o zawieszeniu Juszczyszyna na czas postępowania dyscyplinarnego. Mimo wątpliwości co do statusu Izby Dyscyplinarnej prezes Nawacki wydał „zarządzenie techniczne”, na podstawie którego odebrał sprawy Juszczyszynowi, nakazał zwrot akt i zablokował mu dostęp do systemów informatycznych sądu, przy czym wyrokiem Europejskiego Trybunału Praw Człowieka z dnia 6 października 2022 powyższe działania zostały uznane za złamanie art. 6, 8 oraz 18 Europejskiej Konwencji Praw Człowieka.