Następnie został oddelegowany na wydział Hydrograficzny i zaczął specjalizować się w hydrografii.
Praca Akademicka Po odejściu w 1903 roku od bezpośredniego udziału w wyprawach badawczych mórz arktycznych, zaczął angażować się w pracę pedagogiczną, organizacyjną i badawczą. W tym samym roku Warniek został dowódcą szkoleniowego krążownika „Westnik”, a w następnym roku został mianowany inspektorem Liceum Aleksandrowskiego. Został członkiem Komisji Rozwoju Szlaku Morza Północnego, której przewodniczył Wilkitski. Komisja zajmowała się organizacją badań hydrograficznych i tworzeniem projektów statków arktycznych, jak również opracowała projekt dogłębnych badań Szlaku Morza Północnego. Był także członkiem Akademii Morskiej i Rady Naukowej Hydrografii. W 1904 roku awansował na stopień kapitana, a w 1909 roku na stopień generała dywizji admiralicji. W 1912 roku Warnek odszedł ze służby wojskowej w randze generała porucznika admiralicji.