W latach 1986–1989 szkoła została zmodernizowana z inicjatywy dyrektorów Ryszarda Rowińskiego i Jana Ebela. Dobudowano 9 sal lekcyjnych, aulę szkolną oraz pomieszczenie świetlicy. Powstała także sala gimnastyczna. 1 września 1993 otwarto salę komputerową. mały|lewo|Publiczne Przedszkole nr 3 Od 1999 do 2019 w budynku szkolnym mieściło się Publiczne Gimnazjum nr 2 im. Jana Pawła II. W skład utworzonego w 2009 Zespołu Szkół w Prudniku weszły: Publiczna Szkoła Podstawowa nr 4, Publiczne Gimnazjum nr 2, Publiczne Przedszkole nr 3 i Publiczne Przedszkole nr 7.
Gimnazjum nr 2 zostało zlikwidowane w związku z reformą systemu oświaty z 2017. W marcu 2021 zajęcia w Szkole Podstawowej nr 4 zostały zawieszone z powodu pandemii COVID-19.
Publiczne Przedszkole Nr 3 ma swoją siedzibę przy ul. Piastowskiej 69, a Publiczne Przedszkole Nr 7 przy ul. Ogrodowej 1.