Awansowany do stopnia podpułkownika piechoty został ze starszeństwem z dniem 19 marca 1938 roku i 56. lokatą. W tym samym roku objął stanowisko zastępcy dowódcy 36 pułku piechoty. Na dzień 23 marca zajmował nadal 56. lokatę wśród podpułkowników piechoty w swoim starszeństwie i piastował funkcję I zastępcy dowódcy w 36 pułku piechoty Legii Akademickiej.
We wrześniu 1939 roku dowodził 1 pułkiem piechoty Obrony Pragi. Do maja 1945 roku przebywał w niemieckiej niewoli – był jeńcem oflagów IV B Königstein i VII A Murnau. Po wyzwoleniu powrócił do Polski, pracował jako kierowca ciężarówki i inspektor bhp. Zmarł w Poznaniu i pochowany został na tamtejszym cmentarzu Junikowo (pole: 11, kwatera: A-12-6). mały|Grób ppłka Stanisława Miliana na Cmentarzu Junikowskim
Życie prywatne Stanisław Milian od 1930 roku był żonaty z Czesławą Karyszak, z którą mieli syna Jerzego. Jego żona została stracona przez Niemców w dniu 8 stycznia 1943 roku w poznańskim Forcie VII za przynależność do Związku Odwetu (wchodzącego w skład Kedywu Armii Krajowej).