1 czerwca 1999 Zakład połączył się z Okręgową Spółdzielnią Mleczarską w Szczytnie, a dokładnie rok później ze Spółdzielnią Mleczarską w Węgorzewie.
Ponieważ OSM w Giżycku działa na obszarze Wielkich Jezior Mazurskich, to też w trosce o środowisko w 2000 zainstalowano urządzenia do zagęszczania serwatki metodą odwróconej osmozy, która pozwala zagospodarować całość produkowanej w zakładzie serwatki.
W 2001 oddano do użytku nowoczesną linię produkującą twaróg mazurski, a w kwietniu 2002 do serów dojrzewających.
Lata 2002–2007 były okresem intensywnej modernizacji zakładu. W tym czasie dokonano wielu inwestycji, m.in.: instalacji nowoczesnej aparatowni, odbieralni mleka, oddano do użytku nowo wybudowany magazyn chłodniczy do przechowywania produktów mleczarskich, nową myjnię samochodową oraz nowoczesną warzelnię serów o przerobie mleka ok. 700 tys. litrów na dobę.
Z dniem 1 maja 2004 Mleczarnia została zaklasyfikowana do zakładów mleczarskich zatwierdzonych do handlu, co umożliwia jej sprzedaż produktów na terenie Unii Europejskiej.
W 2015 dojrzewalnię przeniesiono na teren zakładu przy ul. Białostockiej do nowo wybudowanej dojrzewalni. Może jednorazowo pomieścić ok.