W regionie Nowej Gwinei malajski był początkowo szerzony przez Sułtanat Tidore (od XVIII w.), a później promowany przez misjonarzy chrześcijańskich.
Według jednej z propozycji malajski miasta Manado i malajski Moluków Północnych wykazują dalszy związek z malajskim Sri Lanki, któremu – pomimo odległości geograficznej – również przypisano rodowód indonezyjski. Z zapisków historycznych wynika, że przodkowie Malajów lankijskich przybyli z różnych wysp dzisiejszej Indonezji (w tym Jawy, ale też Moluków i Małych Wysp Sundajskich). K.A. Adelaar (1991) – na podstawie analizy wspólnych innowacji – sugeruje, że malajski Sri Lanki to pochodna malajskiego z północnych Moluków (aczkolwiek nie jest to pewne).
Współcześnie lokalny malajski wypiera tradycyjne języki regionu i umacnia się jego pozycja jako lingua franca. Dzieje się tak wskutek postępującej urbanizacji oraz z powodu wieloetnicznego charakteru prowincji i powszechności mieszanych małżeństw, w których rodzice nie decydują się na przekazanie dzieciom własnych języków etnicznych.