W 1987 uzyskał tytuł profesora zwyczajnego nauk medycznych. Całe życie zawodowe poświęcił psychiatrii, a szczególnie badaniom nad depresją i zaburzeniom zachowania. Był autorem i współautorem wielu podręczników i poradników oraz publikacji dotyczących psychiatrii. Stanisław Pużyński był założycielem i kierownikiem II Kliniki Psychiatrycznej Instytutu Psychiatrii i Neurologii w Warszawie (1971–2005), był również organizatorem pierwszego w Polsce Oddziału Chorób Afektywnych oraz wieloletnim konsultantem krajowym ds. psychiatrii (1991–2005), dyrektorem Instytutu Psychiatrii i Neurologii (1991–2001), a także przewodniczącym Komisji Etyki Polskiego Towarzystwa Psychiatrycznego. W 2006 przeszedł na emeryturęProfesor Stanisław Pużyński, 1936 - 2015, Pro memoria, Biuletyn nr 1/2016 - pismo Okręgowej Izby Lekarskiej. Okręgowa Rada Lekarska w Białymstoku.
W 2001 został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.
Pochowany na starym cmentarzu na Służewie przy ul. FosaZmarł Prof. Stanisław Pużyński, Polskie Towarzystwo Psychiatryczne 10 listopada 2015Stanisław Pużyński, nekrolog Gazeta Wyborcza 10 listopada 2015.
Dorobek naukowy Był promotorem dwudziestu przewodów doktorskich, trzech habilitacji, a jeden z jego studentów został profesorem. Ukazało się ok.