Historia Muzeum Walki Macedońskiej zostało ustanowione decyzją rządu Republiki Macedonii z 31 lipca 2008 roku. Budowa budynku muzeum, będącego częścią projektu Skopje 2014 rozpoczęła się w 2008 roku i trwała trzy lata. Koszty budowy wyniosły 1 045 020 814 denarów (16 992 208 euro). Oficjalne otwarcie muzeum odbyło się 8 września 2011 roku, w 20. rocznicę zorganizowania macedońskiego referendum niepodległościowego.
Opis Muzeum mieści się w budynku o powierzchni 6435 m², w którym ekspozycje muzealne zajmują ponad 2000 m². Znajdują się w nim wystawy pokazujące eksponaty związane z historią, kulturą i działalnością rewolucyjną Macedończyków oraz ich doświadczeniami na drodze do zjednoczenia i stworzenia niepodległego państwa macedońskiego, w tym dokumentujące zmagania z różnymi udrękami czy opór przeciwko reżimowi komunistycznemu.
Struktura organizacyjna Instytucja jest podzielona na 13 wydziałów.