Za czyny te, został pośmiertnie odznaczony orderem wojskowym „Virtuti Militari” V klasy, a we wniosku o jego nadanie, czytamy m.in.:
Nadanie to zostało następnie potwierdzone dekretem Wodza Naczelnego marszałka Józefa Piłsudskiego L.12845 z 17 maja 1922 (opublikowanym w Dzienniku Personalnym Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 2 z 6 stycznia 1923). Z dniem 1 stycznia 1917 został awansowany do stopnia chorążego. Po kryzysie przysięgowym (lipiec 1917) i dezercji z armii cesarskiej działał w Polskiej Organizacji Wojskowej, zajmując stanowisko szefa sztabu okręgu.
Pod koniec listopada 1918 wstąpił do odrodzonego Wojska Polskiego i w czasie wojny polsko-ukraińskiej, uczestniczył w obronie Lwowa. Mianowany podporucznikiem z dniem 17 grudnia 1918. W wyniku orzeczenia komisji lekarskiej miał w kwietniu 1920 przejść do rezerwy, co jednakże nie nastąpiło. W lipcu 1920 został przeniesiony do 4 pułku strzelców podhalańskich, w którego szeregach wziął udział w wojnie polsko-bolszewickiej, awansując w październiku 1920 do rangi kapitana piechoty, ze starszeństwem od dnia 1 kwietnia tegoż roku. Od końca 1920 leczył się na gruźlicę w sanatorium w Rajczy koło Żywca. Tam też zmarł i spoczął na miejscowym cmentarzu w kwaterze legionistów.
Franciszek Joniak nie zdążył założyć rodziny.