Po powrocie na Hel prowadził zajęcia dla studentów i nauczycieli gimnazjalnych.

Podczas wybuchu II wojny światowej przebywał w Gdyni, gdzie ochotniczo zgłosił się do kosynierów broniących wybrzeża. Po upadku obrony Oksywia przedostał się do Krakowa, a następnie przez Tatry do Czechosłowacji, a następnie na Węgry, gdzie został internowany w obozie w Garani. Po ucieczce znalazł się w Budapeszcie, gdzie spotkał dr. Kazimierza Roupperta. Chcąc dołączyć do polskiej armii dotarł do Hercegszántó, gdzie dowiedział się o upadku Francji. Następnie podróżuje na wybrzeże Adriatyku i zatrzymuje się w Splicie, skąd przez Grecję i Bułgarię znalazł się w Turcji, skąd na pokładzie statku SS „Warszawa” popłynął do Palestyny. W styczniu 1941 dołączył do Brygady Strzelców Karpackich, walczył w obronie Egiptu pod Aleksandrią. W połowie 1942 z powodu problemów zdrowotnych trafił do szpitala, od 1943 za pośrednictwem Funduszu Kultury Narodowej został urlopowany na czas rekonwalescencji. Ponownie spotykał dr. Kazimierza Roupperta, który w Tel-Awiwie organizował Towarzystwo Przyrodników im. Mikołaja Kopernika.