22 czerwca, w dniu zawarcia zawieszenia broni między Francją a Niemcami, okręt przebywał w Hyères. W listopadzie 1940 roku „Perle” znajdował się pod kontrolą rządu Vichy w składzie 5. grupy okrętów podwodnych w Tulonie (wraz z „Galatée”, „Sirène”, „Naïade”, „Atalante” i „Diamant”), gdzie został rozbrojony.

Po lądowaniu Aliantów w Afryce Północnej „Perle” wszedł w skład marynarki Wolnych Francuzów. We wrześniu i październiku 1943 roku jednostka wraz z innymi okrętami francuskimi wzięła udział w zdobyciu Korsyki. 16 i 17 września okręt wysadził nieopodal Ajaccio 30 francuskich komandosów i dostarczył siedem ton materiałów wojennych, przewiezionych z Algieru.

Na przełomie 1943 i 1944 roku okręt poddano modernizacji, w wyniku której zamiast zdwojonych wkm kal. 13,2 mm zamontowano pojedyncze działko przeciwlotnicze Oerlikon kal. 20 mm Mark II/IV. Remont, który rozpoczął się 18 grudnia 1943 roku, przeprowadzono w USA, w stoczni Philadelphia Naval Shipyard w Filadelfii. Remont ukończono w czerwcu 1944 roku i 3 lipca okręt wyszedł w rejs powrotny z St. John’s. Podczas rejsu, 8 lipca 1944 roku na północnym Atlantyku ok. godz.