Na początku XXI wieku podjęto kolejne próby analizy pokrewieństwa tych języków, na podstawie danych słownikowych i paradygmatów zaimków (M. Ross, A. Pawley), lecz żadne z nich nie pozwoliły jednoznacznie rozstrzygnąć związku języków timor-alor-pantar z językami Nowej Gwinei. Zbieżności leksykalne między nimi są ubogie, a podobieństwa typologiczne dają się wytłumaczyć jako cechy arealne. G. Holton i L.C. Robinson (2017) oraz G. Holton i M. Klamer (2018) uznają języki timor-alor-pantar za niezależną rodzinę językową. Jednocześnie zdaniem autorów niewykluczony jest bliższy związek timor-alor-pantar z językami zachodniego Bomberai (West Bomberai) – aczkolwiek niekoniecznie natury genealogicznej, gdyż można też rozważać możliwość stosunkowo niedawnego kontaktuOdnotowano, że ludność zachodniego Bomberai sprowadzała niegdyś niewolników z innych zakątków archipelagu (), docierając m.in. do odległych grup wysp Tanimbar i Kei ().. M. Donohue (2008) ponownie omawia hipotezę zachodniopapuaską, wskazując na podobieństwa w leksyce i zasobie zaimków. Istnieje możliwość, że języki będące przodkami rodzin zachodniopapuaskiej i timor-alor-pantar przeszły historię wzajemnych oddziaływań.