Oddziały znajdujące się w szpitalu nr 2 zostały przeniesione do szpitala nr 1. W 2006 budynek szpitala nr 2 został przekazany bonifratrom z pobliskiego klasztoru. Zakonnicy utworzyli w nim dom opieki św. Jana Bożego.
W 2019 zawieszony, a następnie zamknięty został oddział ginekologiczno-położniczy. W 2022 park przy szpitalu przeszedł rewitalizację. W czasie pandemii COVID-19 w 2021 przy szpitalu zbudowano stację tlenową. W 2023 w szpitalu urządzono poradnię zdrowia psychicznego i trzeci w województwie opolskim oddział geriatryczny. W latach 2025–2026 dobudowane zostało nowe skrzydło szpitala, przystosowane na siedzibę Zakładu Opiekuńczo-Leczniczego dla 25 pacjentów. Równocześnie rozpoczęła się konstrukcja nowego budynku z gabinetami lekarskimi.
Prudnickie Centrum Medyczne S.A. Właścicielem Szpitala Powiatowego w Prudniki oraz Zakładu Opiekuńczo-Leczniczego w Głogówku jest spółka Prudnickie Centrum Medyczne (PCM) z siedzibą przy ul. Szpitalnej 14 w Prudniku.