II wojna światowa Po wybuchu II wojny światowej, Thyssen emigrował wraz z rodziną do Szwajcarii, a następnie do Francji, skąd wysłał do Hermanna Göringa list protestacyjny w sprawie działań wojennych oraz gdzie, razem z Emery Revesem (Imre Révészem), rzekomo napisał książkę „I Paid Hitler” (w rzeczywistości napisał ją sam Reves na podstawie stenogramów wywiadów przeprowadzonych z Thyssenem, który nie autoryzował tekstu w całości i nie wyraził zgody na publikację), ujawniającą kulisy finansowania NSDAP przez niemieckich przedsiębiorców. W tym samym czasie został pozbawiony obywatelstwa niemieckiego, usunięty z partii i Rady Państwa, a jego majątek skonfiskowano. Po zajęciu Francji przez Niemcy został aresztowany i przetransportowany, najpierw do Hotelu Adlon w Berlinie, a następnie w 1943 r. do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen. W lutym 1945 r. przeniesiony do KL Dachau, skąd pod koniec kwietnia został przeniesiony do Tyrolu jako zakładnik oddziału SS, z którego rąk uwolnili go żołnierze Wehrmachtu i przekazali amerykańskiej armii 4 maja 1945 roku.