Kaplica św. Józefa znajduje się po lewej stronie przy prezbiterium. Jej ściany są całkowicie pokryte freskami wykonanymi przez Gisberto Ceracchini. W ołtarzu przedstawiono Św. Józefa w chwale, poniżej znajduje się scena jego zaślubin z Maryją.
Kaplica św. Piotra i Pawła
W prawym ramieniu transeptu znajduje się kaplica poświęcona św. Piotrowi i Pawłowi, dar rządu Libanu. Dekorację tej kaplicy nadzorował Aldo Nati. Ołtarz jest z czerwonego marmuru. Obraz ołtarzowy Książąt Apostołów jest autorstwa Francesco Perotti. Flankują go freski Marcello Avenali, przedstawiające sceny z życia apostołów.
Kaplica Matki Bożej Fatimskiej
Na lewym końcu transeptu znajduje się kaplica Matki Bożej Fatimskiej, ufundowana przez Republikę Portugalii i zaprojektowana przez Luiza Benavente. W ołtarzu znajduje się Matka Boża Fatimska czczona przez anioły i świętych, na dole umieszczono postacie dzieci, które miały widzenie. Figura Matki Bożej jest została wyrzeźbiona przez Leopoldo de Almeida, a fresk jest autorstwa Martinsa Barady. Antepedium ołtarza przedstawia Zwiastowanie, jest to dzieło Jorge Barradasa wykonane ze szklanego włókna.