Wyrok zamieniono na 25 lat więzienia, a już w kwietniu 1950 Schüle został przekazany do Niemiec.
Natychmiast po zwolnieniu z niewoli radzieckiej został zatrudniony w niemieckim sądownictwie w Badenii-Wirtembergii w kwietniu 1950, gdzie 1 grudnia 1950 został awansowany na prokuratora w Stuttgarcie, a 1 marca 1958 na starszego prokuratora.
Działalność w Centrali Badania Zbrodni Narodowosocjalistycznych Jego nazistowska przeszłość nie była jeszcze znana w tym okresie, więc nie stanowiła przeszkody, aby 1 grudnia 1958 r. został pierwszym szefem nowo utworzonej Centrali Badania Zbrodni Narodowosocjalistycznych w Ludwigsburgu. Fakt ten ujrzał światło dzienne w lutym 1965, po ujawnieniu tych informacji przez wschodnioniemiecką agencję informacyjną Allgemeiner Deutscher Nachrichtendienst. We wrześniu 1965 r. Związek Radziecki wysłał notatkę do rządu federalnego, w którym Schüle został przedstawiony jako zbrodniarz wojenny. W grudniu 1965 r. prokurator generalny w Stuttgarcie rozpoczął dochodzenie przeciwko Schüle, które zostało umorzone z braku dowodów na początku kwietnia 1966.