We wrześniu 1940 został przyjęty do Centrum Wyszkolenia Naziemnego Lotnictwa w bazie Blackpol, 7 marca 1941 został mianowany kapelanem rejonu Bramcot. Po zakończeniu działań wojennych został kapelanem lotnictwa Polskiego Korpusu Przysposobienia w Anglii. Służbę wojskową zakończył w 1948. 12 lutego 1949 wyjechał do Argentyny gdzie założył Stowarzyszanie Lotników Polskich oraz rozpoczął budowę kościoła, działał w organizacjach polonijnych, był redaktorem „Głosu Polskiego”. W 1966 rozpoczął budowę Ośrodka Duszpasterskiego w Ezpeleta. Zginął potrącony przez ciężarówkę.
Za zasługi dla Polonii argentyńskiej odznaczony został Orderem Odrodzenia Polski.
Upamiętnienie W 2005 podczas Święta Lotnika, Dowódca Sił Powietrznych gen. Stanisław Targosz dokonał otwarcia wystawy poświęconej ks. Walkowskiemu w siedzibie Dowództwa Sił Powietrznych w Warszawie.
W 2018 odbyła się podobna wystawa w Wieruszowie, a w 2019 w Lututowie, obie były poświęcone ks. Walkowskiemu.