Fränkel postanowił zachować piwnicę dawnego klasztoru, łącząc ją z podziemiami, które powstały równocześnie z willą. Z pokapucyńskiego założenia został kościół i dawna tkalnia przekształcona na szkołę, oba obiekty należały do ewangelików. W latach 1902–1904 protestanci wybudowali kościół Chrystusa w miejscu zlikwidowanego cmentarza. W 1907 zdecydowano o zburzeniu pokapucyńskiego kościoła, który był „w stanie grożącym zawaleniem” ze szkołą ewangelicką. Szczątki zakonników z kościoła przeniesiono do głównej krypty kościoła św. Michała Archanioła w Prudniku. Na miejscu kościoła ewangelicy postawili w 1909 pastorówkę.
W 2022, w ramach projektu Muzeum Ziemi Prudnickiej i miasta Zlaté Hory, prudnicki klasztor kapucynów został odtworzony w postaci makiety przez Piotra Makałę. Odsłonięcia makiety dokonano 6 listopada 2022.