Pozostałe 7 klubów Japan Football League (Kawasaki Frontale, Honda Motors, Otsuka FC Vortis Tokushima, Denso SC, Sony Sendai, Mito HollyHock, Kokushikan University i Jatco SC) oraz świeżo utworzony klub Yokohama FC stworzyły nową, dziewięcioklubową Japan Football League. Dziś Japan Football League to czwarty poziom rozgrywkowy, a istniejąca od 2014 J3 League stanowi trzeci poziom rozgrywkowy.
Po sezonie 2025 nastąpi zmiana formatu na jesień-wiosna. W pierwszej połowie 2026 roku odbędzie się specjalny turniej - 2026 J1 100 Year Vision League. Wyniki tego turnieju nie spowodują spadku do J3 League ani awansu do J1 League.
Struktura ligowa Obecnie w rozgrywkach J2 League bierze udział 20 klubów (od sezonu 2012, a wcześniej: w sezonie 1999 występowało 10 zespołów, 2000 – 11, od 2001 do 2004 – 12, od 2006 do 2007 – 13, 2008 – 15, 2009 – 18, 2010 – 19, 2011 – 20, od 2012 do 2023 – 22, od 2024 – 20). Mistrz i wicemistrz awansują bezpośrednio do J1 League, kluby z miejsc 3-6 rozgrywają mecze barażowe, których zwycięzca wygrywa awans do J1 League, a trzy ostatnie kluby spadają do J3 League.