Po powrocie do kraju był w latach 1891–1898 profesorem botaniki oraz kierownikiem ogrodu botanicznego w Akademii Rolniczej w Dublanach. Kontynuował badania nad systematyką roślin. Był także współautorem wydawnictwa Die natürlichen Pflanzenfamilien wydanego w Lipsku w 1893. Habilitował się na uniwersytecie lwowskim z systematyki i morfologii roślin (1894). Od 1896 docent prywatnySzematyzm Królestwa Galicji i Lodomerii z Wielkim Księstwem Krakowskim na rok 1896, s. 358;, a od 1909 profesor nadzwyczajny systematyki i morfologii roślin Wydziału Filozoficznego Uniwersytetu Lwowskiego. Wraz z innymi protestował przeciw utrakwizacji uniwersytetu w 1909Chodziło o wprowadzenie jako równorzędnego języka wykładowego - języka ukraińskiego. Członek wielu stowarzyszeń naukowych m.in. od 1889 Société Botanique de France, od 1893 Towarzystwa Badaczy Orientu w Wiedniu. Był także od 1899 członkiem zarządu Polskiego Towarzystwa Przyrodników im. Kopernika.
Reprezentował poglądy katolicko-narodowe i kandydował do Rady Państwa. Ożenił się z malarką i taterniczką Anną z Mizerskich (1870–1959). Mieli pięcioro dzieci, m.in. aktora i dziennikarza Mieczysława (1893 - po 1952), urzędnika Aleksandra (1890–1933) i handlowca JerzegoIgnacy Michał Szyszyłowicz - M.J.