Zajmuje się przede wszystkim problematyką ochrony praw jednostki w procesie karnym (w szczególności jej zgodnością ze standardem konstytucyjnym oraz orzeczniczym ETPCz), zbiegów odpowiedzialności o charakterze represyjnym, środkami karnymi, środkami zapobiegawczymi, prawnokarną ochroną prywatności jednostki w prawie karnym i procesie karnym, europeizacją prawa karnego i międzynarodową współpracą w sprawach karnych. Jest autorem i współautor ponad 150 opracowań naukowych z zakresu procedury karnej, prawa karnego materialnego i europejskiego prawa karnego, w tym monografii Prawo do milczenia w polskim procesie karnym, która uzyskała wyróżnienie w XII edycji konkursu Wolters Kluwer Polska i „Przeglądu Sądowego” pod tytułem „Książka prawnicza najbardziej przydatna w praktyce wymiaru sprawiedliwości w 2019 roku”.
Od 2019 roku prof. Sakowicz jest członkiem Komitetu Nauk Prawnych Polskiej Akademii Nauk, a w kadencji 2024–2027 został wybranym na członka Prezydium Komitetu Nauk Prawnych PAN. Od stycznia 2021 jest wiceprzewodniczącym Komisji Dyscyplinarnej ds. nauczycieli akademickich przy Radzie Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego na kadencję 2021–2024.