„Damage” Ol’ Dirty Bastarda i „Guillotine (Swordz)” Raekwona. W 1997
W 1999 roku, nakładem MCA Records, ukazał się trzeci studyjny album GZA Beneath the Surface. Album poprzedzały single „Crash Your Crew” z gościnnym udziałem Ol’ Dirty Bastarda i Hell Razah z grupy Sunz of ManW finalnej wersji albumu zwrotka Hell Razah została wycięta, jednak znajduje się w wersji wideo oraz „Breaker, Breaker”. Album zadebiutował na najwyższym miejscu Top R&B/Hip-Hop Albums oraz uzyskał status złotej płyty.
W 2002 roku został wydany czwarty album rapera zatytułowany Legend of the Liquid Sword, który poprzedzały single „Fame” i „Knock, Knock”. Album pomimo przychylnych recenzji zadebiutował dopiero na 75. miejscu Billboard 200 i nie odniósł komercyjnego sukcesu.
W 2005 roku GZA połączył swoje siły z amerykańskim producentem DJ-em Muggsem znanym z występów w grupie Cypress Hill. Współpraca zaowocowała albumem Grandmasters wydanym 25 października 2005 roku przez Angeles Records. W 2008 roku premierę miał album Pro Tools. Pro Tools promował jeden singel tj. „Paper Plate”, który był jednocześnie dissem na innego rapera 50 Centa. Album zadebiutował na 52. miejscu notowania Billboard 200 oraz 13.